جهت پی بردن به اثرات احتمالی ناشی از اسکنر امواج میلیمتری، ابتدا باید تابش غیر یونیزه را، که شامل اشعه ماورا بنفش فرکانس بالا تا تشعشعات با فرکانس بسیار پایین از میدان های الکتریکی و مغناطیسی است، فهمید.
تابش اسکنر های موج میلیمتری در محدوده تابش غیر یونیزه قرار می گیرد. از دیگر تکنولوژی هایی که از این فناوری استفاده می کنند، می توان به تلفن های همراه، رادار، سیگنال های Wi-Fi تلفن های بی سیم اشاره کرد.
کمیسیون بین المللی حفاظت در برابر تشعشعات غیر یونیزه (ICNIRP) بیانیه ای پیرامون تاثیرات احتمالی اسکنر های موج میلیمتری بر روی سلامت در سال 2012 منتشر کرد و بیان کرد امواج با فرکانس بالاتر به جذب انرژب بیش تری منجر خواهند شد.
برای همه انواع تابش ها غیر یونیزه دستور العمل هایی برای میزان مدت در معرض تابش قرار گرفتن وجود دارد تا از مشکلات احتمالی مانند داغ شدن موضعی پیشگیری نماید. لازم به ذکر است که اسکنر های بدن از یک دهم این حد استفاده می کنند.
